El Consejo de Estado, mediante sentencia del 17 de julio de 2025 (Rad. 28380), anuló parcialmente los Conceptos 1739 de 2019 y 873 de 2022 emitidos por la DIAN, en los cuales indicaba, entre otros asuntos, que los arrendamientos contratados por las Instituciones Prestadoras de Salud (IPS) o Empresas Prestadoras de Salud (EPS) y, aún a pesar de ser pagados con recursos del Sistema de Seguridad Social, estaban gravados con IVA. Expresó la DIAN en dicha doctrina:

“Para finalizar, se indica que, frente al servicio de arrendamiento para la prestación de servicios de salud por parte de una IPS, este despacho se ha pronunciado previamente con Oficio 010278 del 02 de mayo de 2019, concluyendo que: “está gravado con el IVA, el arrendamiento comercial contratado por una IPS, ya que no se ajusta a los supuestos que el ordenamiento jurídico vincula directamente a la seguridad social.”

Pues bien, siguiendo la doctrina constitucional proveniente de la Corte a través de múltiples fallos, el CE aclara que sí es posible la no causación del IVA en estos arrendamientos si la EPS o IPS contrata bienes o servicios que cumplen dos condiciones: (i) ser pagados con recursos del Sistema General de Seguridad Social en Salud (SGSSS), y (ii) se asocian o destinan a la prestación de servicios propios del sistema de seguridad social en salud.

La Sala consideró que la doctrina de la DIAN vulneraba los artículos 4 y 48 de la Constitución Política y el artículo 476 del Estatuto Tributario, al desconocer que dichos pagos se realizan con recursos expresamente destinados al POS (Plan básico de salud o PBS). Los contratos de arrendamiento pueden celebrarse con el único fin de prestar directamente servicios del PBS y el hecho de que los celebren IPS y no EPS no justifica un trato fiscal distinto, dado que ambas forman parte del SGSSS.

En consecuencia, la sentencia ratifica que la exclusión del IVA no depende del tipo de entidad que contrata (IPS o EPS), sino del uso específico del bien arrendado y del origen de los recursos utilizados para su pago. Aplicar el impuesto de forma generalizada contradice la Constitución y desnaturaliza la finalidad de los recursos del sistema de salud.
Se trata de un fallo bien importante que beneficia al (golpeado) sector salud, particularmente las EPS e IPS, liberándolas de una carga tributaria que no debían asumir, pero que muchos la venían asumiendo por actuar a partir de la doctrina oficial, aun sabiendo que esa posición doctrinal resultaba contraria a la interpretación que desde siempre ha hecho la Corte Constitucional.

El fallo se emite con carácter puro y simple, es decir, se trata de un fallo de nulidad con efectos retroactivos, de manera que quedan habilitados los entes señalados para reclamar la devolución del IVA indebidamente cobrado y los arrendadores, quedan en la obligación de devolver lo así cobrado.
Pero, además, a pesar de que el fallo se limitó a analizar solamente lo relacionado con los arrendamientos (porque esa fue la discusión planteada por las demandantes, doctoras Adriana Melo y Beatriz Villegas), de su contenido y análisis se deja ver con claridad que no se causa IVA sobre bienes o servicios destinados a la prestación del servicio de salud, contratados y pagados con recursos de la seguridad social.

Nos queda solamente una preocupación: la calificación de la operación, porque la sentencia califica el señalado servicio de arrendamiento como un servicio “excluido” del impuesto, lo que nos parece impropio porque la prohibición constitucional se reduce a la imposibilidad de gravar con impuesto los recursos de la seguridad social, lo que técnicamente nos pone en un escenario que se ubica por fuera del hecho generador, es decir, una operación no sujeta al impuesto.
Con este fallo, que aplaudimos, se reafirma la postura que nuestra firma ha sostenido de manera consistente en años anteriores: los contratos directamente asociados al cumplimiento de prestaciones del PBS, financiados con recursos del sistema, no tienen IVA.