Para su entendimiento, debemos recordar que la ley de reforma tributaria ha categorizado las personas naturales en tres grupos: los empleados, los trabajadores por cuenta propia y las demás personas naturales.

Por definición, empleado es toda persona natural residente que desarrolle una actividad personal o una actividad por cuenta y riesgo del contratante, mediante vinculación laboral o legal y reglamentaria o de cualquier otro tipo (contrato de prestación de servicios, contrato de comisión, agencia, mandato) y cuya remuneración deriva al menos en un 80% de esas fuentes. En consecuencia, los empleados podrán ser asalariados e independientes.

Pues bien, los pagos gravables que se efectúen a los "empleados" quedan sometidos a la tabla de retención en la fuente de pagos laborales que establece el estatuto tributario en el artículo 383, y que conocemos como la tabla de retención de salarios. Sin embargo, la aplicación de la citada tabla ha de ser valorada en función de lo siguiente:

Primero, para los asalariados, la tabla debe ser utilizada de manera obligatoria. Señala el reglamento que, inclusive, si el sujeto no cumple los requisitos para ser calificado dentro de la categoría de empleado pero recibe salarios, la retención tendrá que descontarse con base en la tabla de retención de salarios. En este caso, la retención se descuenta por pago efectivo.

Segundo, a los independientes se les podrá aplicar la tabla de retención de salarios, siempre y cuando el sujeto beneficiario cumpla los requisitos para ser calificado como empleado, es decir, que sus ingresos provengan al menos en un 80% de honorarios, comisiones o servicios. El reglamento no ha señalado condición especial para hacer la demostración de requisitos, de manera que bastará que el independiente manifieste en su factura o cuenta de cobro que cumple los requisitos para ser calificado como empleado. Si así lo hace, el contratante queda en la obligación de descontarle la retención con base en la tabla de retención de pagos laborales. Si el independiente guarda silencio o manifiesta no cumplir los requisitos, la retención a descontar será la normal del 4%, 6%, 10% ú 11%.

Tercero, a los asalariados se les descuenta la retención, sobre los pagos efectivos, por procedimiento 1 ó 2 según corresponda, siguiendo los lineamientos propios de los mismos. En cambio, a los independientes, no se les aplica procedimiento 1 ni 2 sino que la base de retención es la que corresponda al pago o abono en cuenta.

Cuarto, la base de retención podrá ser depurada, es decir, disminuida con los pagos por intereses de vivienda que se hayan verificado en el año 2012, o con el pago de la primera cuota del crédito de vivienda que se obtenga en el año 2013, y con los pagos por concepto de salud obligatoria y prepagada, lo mismo que con los dependientes (hijos menores, padres que dependan económicamente, entre otros). La depuración con intereses y salud prepagada, a diferencia de lo que sucedía el año anterior, podrá tomarse concurrentemente y aplica a todos los empleados, independientemente de su nivel de ingresos.

La depuración exige prueba de pago de los intereses y de la salud, mediante aportación del certificado respectivo. La demostración de dependientes, según manda el reglamento emitido, se hace con manifestación jurada del empleado.

La base de retención se reducirá con los aportes obligatorios y voluntarios a fondos de pensiones y ahorros en cuentas AFC, con limitación al 30% del ingreso del periodo.

Obviamente, la base de retención de los asalariados estará reducida con el valor de la renta exenta del 25%, porción que en cambio no aplica a los independientes.

A partir de abril aplicará retención mínima

La ley de reforma ha establecido una retención mínima que será aplicable a partir de abril 1º del año que corre. Esta retención solamente aplicará a aquellos empleados obligados a presentar declaración de renta. El decreto 0099 ha reglamentado el manejo disponiendo que:
Uno, la retención mínima aplica tanto a asalariados como a independientes;

Dos, como la retención aplica a los empleados declarantes, el reglamento presume que si el sujeto ha obtenido ingresos en el año 2012 iguales o superiores a 4.073 UVT, estará obligado a declarar y por tanto, le aplicará la retención mínima.

Tres, la retención mínima aplicará sobre una base de retención plana, esto es, sobre el valor del ingreso menos los aportes obligatorios al sistema de seguridad social (salud, pensión y ARL). La base para la retención mínima no admite renta exenta ni aportes a fondos de pensiones voluntarios, ni ninguna otra depuración.

Cuatro, si bien es una retención mínima, ella aplicará solo en cuanto la retención normal del mes sea inferior a la mínima. Es decir, la retención aplicable a partir de abril será la mayor que resulte de comparar la retención normal y la mínima. 

Tomado de: Tributarasesores.com.co