Es así como ante una incapacidad que concede un médico particular, es decir ajeno a la red de prestadores de la EPS, le corresponde al empleador tramitar la transcripción de la incapacidad, caso en el cual se requerirá que una vez el trabajador informa su incapacidad o licencia, éste también la allegue ante su patrono para que proceda a gestionar su certificación o la transcripción si es del caso. Cumplido lo anterior, corresponde a la EPS el reconocimiento económico de la incapacidad o licencia solicitada por el empleador, proceso en el que consideramos oportuno mencionar que a partir del mes de agosto del presente año, cuando entren en operación las cuentas maestras de que trata el artículo 24 del Decreto 4023 de 20112 y conforme lo indicado en el Decreto 825 de 2012, el pago de incapacidades y licencias se efectuará de forma directa por las EPS, no siendo viable a partir de esa fecha que el empleador asuma dicho pago y lo descuente de la autoliquidación de aportes, tal y como a la fecha ello viene operando. .  Los aportantes y trabajadores independientes, no podrán deducir  los valores correspondientes a incapacidades por enfermedad general.

Ministerio de salud y protección social

Concepto Jurídico No 117672

Tomado de: larepublica.co