Veamos:

En el impuesto a la equidad existen dos declaraciones: la anual del impuesto de renta a la equidad, creada por la Ley 1607 y reglamentada en los Decretos 2701 y 2972, ambos de 2013; y la declaración –mensual y cuatrimestral– de autorretención en la fuente creada y reglamentada por el Decreto 1828 de 2013. 
 

En relación con la declaración anual del CREE, de manera clara la ley 1607 dispuso en su artículo 27 que la declaración que se presente sin pago total
dentro del plazo para declarar, se entenderá como no presentada. Sin embargo, aunque la ley dispuso su pago total al momento de presentar la declaración, el Decreto 2972 de 2013, por medio del cual se señalan los plazos para declarar, señaló que la declaración deberá presentarse solamente con el 50% del valor a pagar, concediendo plazo para el otro 50% como segunda cuota.

Es decir, la declaración anual de impuesto a la equidad requiere el pago del 50% del valor a pagar, para tenerse por válidamente presentada. Sin embargo, requiere, adicionalmente, el pago oportuno del otro 50% dentro de los plazos señalados para ello, so pena de que el no pago oportuno de esa segunda cuota, haga que la declaración se la entienda como no presentada.
 

Es este un fenómeno interesante porque la debida presentación de la declaración dependerá no solo del pago del 50% de primera cuota, sino
particularmente del oportuno pago de la segunda cuota. Si un sujeto no paga la segunda cuota, automáticamente su declaración perderá validez legal y se entenderá como no presentada.
 

Ahora bien, como legalmente es requisito indispensable presentar la declaración de CREE con pago (así sea por cuotas), claramente se deriva de
ello la imposibilidad de pedir compensación de esta deuda contra saldos a favor originados en renta o en IVA. Es decir, aunque el contribuyente tenga saldos a favor en otras declaraciones tributarias, dichos saldos a favor no podrán ser compensados contra el CREE. No importa el valor del saldo a favor que se tenga en esas otras declaraciones, de ninguna manera será posible pedir compensación contra la declaración del CREE. 

Otro detalle de importancia tiene que ver con la regla que desarrolla el artículo 49 del Decreto 2972 en el sentido de que toda declaración tributaria que arroje

un valor a pagar inferior a 41 UVT (debe ser pagada en una sola cuota. Es decir, si la declaración anual de CREE tiene como valor a pagar una suma inferior a la indicada, necesariamente tendrá que pagarse en una sola cuota para que se tenga por debidamente presentada. 

Por lo anterior, se recomienda especial cuidado y discreción en el cumplimiento de este deber legal y en la forma de actuar, ya que cualquier error costará dinero.

Distinta es la suerte de la declaración mensual o cuatrimestral de autorretención del CREE, la cual tuvo origen reglamentario, con unas reglas propias que indican un camino similar pero con algunas variaciones.

En efecto, el Decreto 1828 de 2013 dispone que la declaración de autorretencion deberá presentarse con pago, so pena de que no produzca
efectos legales (ineficacia), en los términos del artículo 580-1 del ET. Es decir, a diferencia de la declaración anual de CREE, para la declaración de
autorretención en la fuente, el reglamento adoptó el fenómeno de ineficacia, exigiendo, obviamente, el pago total junto con la presentación de la declaración.

Sin embargo, en los términos del mismo artículo 580-1 del ET, la ineficacia no opera cuando el contribuyente tenga un saldo a favor igual o superior a 82.000 UVT, que sea susceptible de compensarse contra la declaración de retención en la fuente.

En consecuencia, si bien la declaración de autorretención requiere para su validez de pago total, ésta sí permite la compensación contra saldos a favor, a condición de que el saldo a favor tenga un monto igual o mayor al señalado, y se haya originado con anterioridad a la presentación de la declaración de autorretención de CREE.

Tomado de: https://www.tributarasesores.com.co/Flash%20Tribu/FLASHOCA/2014/DOC%20529.%20CREE%20REQUIERE%20PAGO.pdf